ＯＵＧライフサイエンス分科会

☆☆ 今までの活動内容 ☆☆

2006年１月～12月

♪ 第233回（2006年1月) ♪ 第234回（2006年2月) ♪ 第235回（2006年3月)

♪ 第236回（2006年4月) ♪ 第237回（2006年5月) ♪ 第238回 (2006年6月)

♪ 第239回（2006年7月) ♪ 第240回（2006年9月) ♪ 第241回（2006年10月)

♪ 第242回（2006年12月)


2007.1.9 更新
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第242回　ライフサイエンス分科会
記入者：渡辺　正彦
開催日時：　2006年12月21日(木）　14:00～16:30
開催場所： ファイザー(株)　会議室
配布資料： 「Ovid eResource Management Solution」等
参加人数：　23名

内　容：「Ovidのe-Resource Management Solution ：統合検索から フルテキスト管理ツールまで」
今月は、Ovidの電子情報源管理ツールであるSearchSolverとフルテキスト取り込み&管理ツールであるQUOSAについて、 Ovidの担当者に説明していただきました。

１．SearchSolver

設楽　真理子氏

　SearchSolverは電子ジャーナルやデータベース等オンラインで提供されている様々な情報源を一括して横断検索するシステムです。 国内のデータベースも対象で、日本語のインターフェースも用意されています。選択された情報源に対して検索式を投げ､ レスポンスの早い順に結果を表示するシステムですが、重複除去や検索結果の並び替えも可能です。サーバーは米国にあり、 自機関で用意する必要はありません。検索対象の情報源を選択し、自機関独自の情報ポータルを作成できます。ただし、 契約内容により利用できる情報源に制限があります。その他の特徴は以下のようになります。 　Elsevier社のScirusを各種データベースや電子ジャーナルサイトに拡張したイメージですが、デモサイトを利用した限りでは､ インターフェースはユーザーフレンドリーでレスポンスも早く､使いやすいシステムと思いました。また、HighwireやScirusのように PubMed検索も行う情報源を選んでも、重複除去して表示していました。

当日の配布資料　⇒　OvidSearchSolver.pdf

２．QUOSA Information Manager

角田　亮子氏
　QUOSA (QUery、Organize、Share、Save、Analyze)はフルテキストを取り込み、 管理・検索するシステムです。 QUOSAでOvidやPubMedを検索すると、ワンクリックでオリジナル文献をPDFやHTML形式で取り込み、索引作業や解析を行います。 フルテキストでの検索用語のハイライト表示も可能です。オリジナル文献をフォルダーに保存し、全文検索や著者名などの フィールドを指定した検索も可能です。
　検索結果をEndoNoteのような文献管理ソフトにエクスポートすることも可能で、文献管理ソフトから取り込んだオリジナル文献の 表示も可能です。

QUOSAの紹介資料　⇒ OvidQUOSA.doc

３．副主査の交代
　2007年からノバルティスファーマ(株)の戸上康弘さんと(財)国際医学情報センターの塚本晶子さんが副主査を 担当してくれることになりました。

４．2月のOUG開催日の変更
　2月15日が当初の予定日ですが、IMICのユーザー会と重なるため、22日に変更することになりました。

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第241回　ライフサイエンス分科会
記入者：齊藤　真紀子
開催日時：　2006年10月19日(木）　14:00～16:30
開催場所： ファイザー(株)　会議室
配布資料： なし
参加人数：　22名

内　容：「Thomsonの製薬会社向けサービスの最新情報」
今月は、先月話題に挙がったインパクトファクターの復習と Thomson Scientificの製薬会社向け サービスとしてカスタムインフォメーションサービス（CIS）の最新情報について、トムソンサイエンティフィックの 担当者に説明していただきました。

１．インパクトファクターを超えて：引用データから見る学術雑誌動向

宮入　暢子氏

　「Impact Factorとは何か」について、分かりやすく説明いただいきました。
　私たち図書館員・サーチャーは「インパクトファクター」等の各指標の示す意味を理解し、 「JCR」で何が分かるかをユーザーに正しく伝えていくことが必要だと感じました。

２．Custom Information Services (CIS)

中塚　真依子氏
　トムソンサイエンティフィックの製薬会社向けサービスとして、カスタムインフォメーションサービス（CIS） の最新情報を説明いただきました。 費用等、詳細については説明資料および下記リンク先を参照ください。
参考リンク：
３．11月のOUGについて
　11月のOUGは情報プロフェッショナルシンポジウムと重なったため休会にします。

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第240回　ライフサイエンス分科会
記入者：渡辺　正彦
開催日時：　2006年9月21日(木）　14:00～16:30
開催場所： ファイザー(株)　会議室
配布資料： 「BIOSIS Previews勉強会資料」、「SLAの紹介資料」
参加人数：　24名

内　容：勉強会
１．SLA参加報告
(財)国際医学情報センター　田仲 清道氏、北野 若葉氏、佐藤 京子氏

　6月にボルチモアで開催されたSLA(Special Libraries Association)の総会について、 RegistrationやReception、Vender Partyの様子も含めて紹介していただきました。
　Exhibitionは380ものブースがあったとのことでしたが、その中で について、簡単に紹介がありました。また、Open Accessの話題としてPLoS の現状についても紹介がありました。 いずれも、時間の関係で詳細な説明は聞けませんでしたが、今後機会を見つけて、勉強会で取り上げたいと思いました。
　RSSセッションの紹介では、PubMedの検索結果をRSSで登録する例を具体的に説明していただきました。 BlogとRSSを組み合わせて、情報発信を積極的にやっていくべきとの提案もありました。

２．BIOSIS Previewsの最新情報

(株)ジー・サーチ　田中 早苗氏
　最近、大きな変更がありませんが、検索のポイントについて説明していただきました。
  • 国際会議での発表も収録しているが、収録数は限られる。一部、抄録自体も収録している。 ただし、対象となる国際会議については、情報が十分ではない。
  • 1992年以前のレコードのディスクリプタはタイトルに出現しなかった場合にのみ 付与されるので、必ず「/TI,DE」としてタイトル中の用語も加える必要がある。
  • MeSHも付与されているが、下位語を含めた検索ができないので注意が必要。
  • Search Guideは2001・2002年版が最新たが、入手が困難。Expand機能を活用して、 適切なキーワードを探す必要がある。


３．11月のOUGについて
　11月のOUGは情報プロフェッショナルシンポジウムと重なったため休会にします。

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第239回　ライフサイエンス分科会
記入者：固武 龍雄、高力 一郎、戸上 康弘、江原 有樹子
開催日時：　2006年7月20日(木）　14:00～16:30
開催場所： ファイザー(株)　会議室
配布資料： 参加者各自の検索結果
参加人数：　15名

内　容：検索演習
１．イオン性ヨード化造影剤の副作用
　　MELINEとEMBASEで検索し、重複を除くこと。過去10年位。

　MEDLINEとEMBASEではシソーラスが異なり、MEDLINEはContrast Mediaであって、 ヨード化物と他のものとの区別も、イオン性と非イオン性の区別もない。これにひきかえ、 EMではIodinated　Contrast　Mediumの下位にIonic　Contrast Mediumがあり、 イオン性ヨード化物が独立している。それで当然、検索式もこれに応じて使い分けなければならない。
　MEDLINEではイオン性に限定する（非イオン性を除く）ために、NOT近接演算子を用いて、 例えばDIALOGでは　Ionic(NOT N)Non　で限定したが、これを用いるとかなりもれると思われる。 というのも個々の造影剤名の文献で、いちいちイオン性などと付記していないことが多いと 思われるからだ。それで主なイオン性造影剤の名称でも検索した方がよい。IodinatedはMEDLINEでも 検索式に入れない方がよいだろう。これもいちいちヨード化などと記述しないことが多いと思われるからだ。BR> 　EMシソーラスのIonic Contrast Mediumの下位にある、すべての個々のイオン性造影剤名だけで検索する というのも一方法であるが、ディスクリプタはContrast Mediaしか付されていなくて、抄録やタイトルにも 個々の造影剤名がない（本文の全文中は別として）文献もある。やはりContrast Mediaや Ionic Contrast　Mediumでも検索した方がよいだろう。
　STNシステムではEMの場合にリンク語とリンクする場合、従来、（L）を使用していたが、 ノイズがでるので（P）を使うのがよいということを先月の例会で化情協の宮崎さんから 教えていただいた。その時示されたノイズの例はDIALOGで（L）を用いたときには出て こなかった。DIALOGとSTNでは違っている。
　マルチファイル検索での重複除去に到るまでのやり方はいろいろあるが、DIALOGでは 　FROM 154の如く、各ファイルを別々に検索してから除去する方法や、BEGINの後に FILEコマンドを用いるやり方もある。これらの方法については他の参加者が触れていない のは少し意外だった。

２．海外データベースで「横紋筋融解症が治癒すればミオグロビン尿は改善する」という文献。

　難しい問題で､明確な文献をヒットさせることができませんでした。横紋筋融解症やミオグロビン尿 と改善や回復、治癒等を近接演算した例もありましたが、思わしい結果は得られませんでした。

３．糖尿病薬(GLP-1、DDP-IV関連)の臨床試験および副作用についての文献。

　GLP-1関連は受容体作動薬、DPP-IV関連は酵素阻害薬が対象。新しい薬効の場合、 薬理作用名や物質の同義語を入れて検索してみてもヒット件数が少ない時がある。
　「明日の新薬」などの開発品状況データベースなどで調べて、具体的な開発品名称や 化学物質番号をリストアップして自然語検索として加える試みも必要である。 EMBASEの検索例では、「glucagone　-like peptidase-1」(活性体のタームもある。）や 「Dipeptidyl Peptidase IV inhibitor」のEM-Termを採用し、先に作ったリストの薬も 自然語として検索する。これを臨床試験や副作用の文献に絞り込んだ。
　JMEDPlusや医中誌Web国内文献検索の発表例では、総説、解説記事が目立ち、 臨床文献はほとんどなかった。また「BIOSIS」の検索例では、学会発表の 臨床試験結果もヒットした。

４．腹膜刺激症状のない胆汁性腹膜炎

  • 検索方法：「～のない」という表現の候補を複数あげ、「胆汁性腹膜炎」と掛け合わせる。 あるいは「（腹膜）刺激（症状）」・「胆汁性」・「腹膜炎」を掛け合わせ、広めに検索。
  • 検索結果：JMEDplus、医中誌Web、Google Scholarで検索した結果、計5件がヒット。
    • 　「腹膜刺激症状を呈さない」 （JMEDplus、医中誌Web）
    　「腹膜刺激症状を呈さなかった」 （JMEDplus）
    　「腹膜刺激症状は認めなかった」 （医中誌Web）
    　「腹膜刺激症状も認められない」 （Google Scholar）
    　「腹膜刺激症状はなく」 （Google Scholar）
  • 結果の評価：医中誌WebやGoogle Scholarでは該当表現がヒットしても、JMEDplusでは ヒットしないものもあり、複数DBによる網羅的検索の重要性が考えられた。
  • 入力留意点：JDREAMII移行後、ストリングサーチが可能となったので、 「ない」・「なかった」・「なく」等の入力が簡略化された。



第238回　ライフサイエンス分科会
記入者：渡辺　正彦
開催日時：　2006年6月15日(木）　14:00～16:30
開催場所： (社)化学情報協会　会議室
参加人数：　16名

内　容：STNライフサイエンス系ファイルの強化点の紹介
　宮崎　佐智子　氏

　今月は、(社)化学情報協会を訪問し、STNのライフサイエンス系DBの強化点について 宮崎さんに紹介していただきました。

１．MEDLINEの強化点

①リロード
　2月にAnnual Reloadを完了し、2006年版のMeSHに対応した。これに伴い、練習用ファイルの LMEDLINEやTOXCENTERファイルのMEDLINEセグメントもRelaod。

②検索機能の強化
  • ストップワードの廃止。
  • 基本索引(/BI)、抄録(/AB)に加えて、標題(/TI)フィールドの検索でも後方一致、 中間一致検索が可能となった。
  • 収録源(/SO)フィールドにISSNとE-ISSNを収録。
  • OLDMEDLINEのレコードにMeSHを追加。全てMajor discriptorの扱い。
    • コメント(/CM)フィールドを新設。”Comment on”や”Comment in”を収録し、 該当するレコードのPubMed IDも収録している。

２．EMBASEの強化点
  • 更新頻度が毎日に変更。
  • 統制語とリンク語を組み合わせて検索する場合、(P)演算子を使用する。
    　　S 統制語/CT(P)リンク語/CT
    従来の(L)演算子を使用した場合、ノイズがヒットすることがある。1レコードあたりの 索引情報が増加したことにより、システム処理の関係で(L)では対応できなくなったため。
    補足：主要な医学文献DBでの統制語とリンク語(subheading、role等)の組み合わせ
    　　　　　MEDLINE　⇒ (L)
    　　　　　EMBASE　⇒　(P)
    　　　　　DDFU ⇒　(S)
３．Scisearchの強化点
  • 抄録(/AB)フィールドで(S)演算子が利用可能になった。
  • 基本索引(/BI)、抄録(/AB)、統制語(/ST、/STP)フィールドで後方一致、中間一致検索が 可能になった。
  • ストップワードの廃止。
  • 収録源(/SO)フィールドでISSNの検索が可能になった。
４．その他

①NAPRALERT
　天然物についての書誌情報とファクトデータを収録しているNAPRALERTの更新が中止。

②REGISTRY
  • 25,000物質に対して､34,000件の実測物性値が追加になった。
  • 13C-NMRとIR、MASSスペクトルデータの収録を開始した。
  • 予想物性値の更新と追加を行った。
  • GenBankの配列データの登録基準が変更になり､文献(論文､特許、会議録等)で参照された場合に登録することになった。
③オンラインシソーラスに関するお知らせ（化学情報協会より）
　当日の配布資料 p.6 のコマンドに誤りがありました。誠に申し訳ありませんが、以下の修正をお願いいたします。 なお、リンクしたPDFファイルは修正済みです。
　=> E ASCORBIC ACID/CT+ALL → => E ASCORBIC ACID+ALL/CT

　また、当日は CAlexicon (CAplus/CA ファイルのオンラインシソ－ラスです) についてもデモでご紹介しました。 ご興味のある方は次の資料をご覧ください。 http://www.jaici.or.jp/stn/calex.pdf



第237回　ライフサイエンス分科会
記入者：渡辺　正彦
開催日時：　2006年5月18日(木）　14:00～16:30
開催場所： JST・上野会議室
配布資料： 「JDreamII機能改善案　ヒアリング項目」、「JMEDplusのサブヘディング一覧」等
参加人数：　19名

内　容：JDreamIIの機能改善についての意見交換とサブヘディング一覧
　今月は、先月要望のあったJDreamIIの改善点について、JSTの担当者の方々と意見交換を行いました。 また、本年からJMEDplusに導入されるサブヘディングについて付与ルールを説明していただきました。

１．JDreamII機能改善案についての意見交換
情報提供部　新サービス開発課　甲田　彰　氏

JSTの甲田さんから事前に配布されたヒアリング項目について説明していただき､意見交換しました。 検討項目は以下のようになります。

①　JST系ファイルのキーワード(AL)検索対象項目に英文表題(TIEN)を加える
  • 賛否両論の意見があり、まとまりませんでした。大きな変更ですが、急ぐことではないので、 メリット、ディメリットを再検討して、どのように改善するか決定したほうがいいとの結論になりました。
  • TIENの検索方式について、現在の完全一致検索を辞書で補う形式では限界があるので、 前方一致検索ができるようにして欲しいとの要望がありました。

②　オフライン出力やユーザーSDIのhtmlファイルから文献複写できるようにする
  • 優先する必要はない。
  • テキスト形式で提供してほしいとの強い要望がありました。対応方法として､SDI登録する際にHTML形式と TXT形式を選ぶ方法もあるとの意見もでてきました。
③　ノイズ除去専用の近接演算子NOTWを実現する
　補足：前後で除くことになる。すなわち、NOTWではなく、NOTA として機能する。
  • 是非とも実現して欲しい。
  • コマンド形式は、Dialogに合わせて除きたい用語を右側に記載する形式が望ましい。 たとえば、ステロイドは必要だが非ステロイドは必要ない場合、「非(NOTA)ステロイド」ではなく、 「ステロイド(NOTA)非」で入力する。
  • NOTA でも NOT A でも使用可能にしてほしい。
④　統制語のオートマッピング機能を実現する
  • 大規模辞書の充実が先で､優先度は低い。
  • オートマッピング機能を導入する場合は､マッピングルールを明確にして欲しい。
⑤　近接演算(W)、(A)、(S)で複数語(n：n)に対応する
　補足：近接演算子は1つのみ使用可能。複数語の上限は n=20 とする。
　語間はパイプ文字( | )で区切る。例）　(コホート|コーホート) (W) (試験|研究|調査)
  • 是非とも実現して欲しい。
  • 語間にパイプ文字( | )を使用するのは違和感があるので、ORを使えるようにして欲しい。
  • 「集合番号(w)複数語」も実現して欲しい。
⑥　L番号をまとめてOR演算できるようにする
　補足：L1-10で指定するとL1からL10までをOR演算。「L1-10 OR L12-15」も可能。
  • 是非とも実現して欲しい。
  • L番号の個数の上限については結論がでませんでした。上限設定の必要性も含めてJST側で検討してもらう。
⑦　シソーラスブラウザからの反映でフィールドコードを付与しない形に変更する
　補足：フィールドコードを外す。ただし、サブヘディングと組み合わせる場合は､フィールドを指定する。
　JCHEMファイルからの渡り検索については、括弧で一塊にして/CNを付与する。
  • 優先的に実現して欲しい。
★その他要望
シソーラスブラウザについて、日本語名、英語名の両方で検索できるようにして欲しい。
例）　「ワルチン腫瘍」の索引語を探すために､「ワルチン」で入力すると0件になる。 英語表記の「Warthin」で検索するとヒットする(5月24日時点では対応済み)。 また、同義語に準シソーラスの「ワルチン腫よう」が含まれていない。

★宿題(後日回答をいただきました)
日本語異表記投書箱の対応状況
(1)　対応のタイミング：1週間から2週間
(2)　対応後の連絡：個別にメールにて担当より連絡
（なお、「××を含む単語全て」といったご依頼を頂くことがあり、その場合は数週間あるいは 段階的に対応させていただきます）


２．JMEDplusのサブヘディングの紹介
文献情報部　医学課　鈴木　響子　氏

4月から付与を開始したサブヘディングについて、鈴木さんに説明していただきました。

①　サブヘディングの概要
  • サブヘディングは全部で26語。サブヘディング間に階層関係はない。
  • 1つの用語(ディスクリプタ､準ディスクリプタ、化合物質名)に9個まで組合せ可能にしている。
  • 薬物療法のようにサブヘディングとメインヘディングの両方ある場合は､どちらも使用する。
  • メインヘディング（ディスクリプタ、準ディスクリプタ、化学物質名）と近接演算子(L)で繋げて検索する。 サブヘディングを複数使用する場合はパイプ文字で区切る。
  • フィールドを指定して検索する必要がある。
  • サブヘディングのみの検索はできない。
②特徴的なサブヘディング
(1)主として医薬品に使用するサブヘディング
  • 治療利用 (TU)： 臨床試験第1相から第3相についてはTUと薬理学(PD)の両者を付与する。PMSについてはTUのみを使用する。 ヒトの場合は､疾患名/DT(薬物療法)も付与するが､動物の薬物療法の場合は付与しない。
  • 多剤併用(DC)：　多剤を併用した治療はDCを付与し、TUを索引しない。複合製剤は単剤とみなし､TUを索引する。
  • MEDLINEに対応するサブヘディンのないもの：上記の多剤併用(DC)の他、薬物相互作用(CB)、内因性(EN)
(2)主として疾患名に用いるサブヘディング
  • 薬物療法(DT)：ヒトに限定。治療に関連したサブヘディングには、放射線療法(RT)、食事療法(DH)、 外科的療法(SU)、治療(TH)、リハビリテーション(RH)がある。いずれもヒトに限定。
  • 遺伝学(GE)：　疾患に関連した遺伝子の解析を行っている文献に付与。
(3)薬物・化学物質と疾患名両方に用いるサブヘディング
  • 血液分析(BL)と血液分析以外の分析に用いる分析(AN)がある。薬物動態の研究には薬物動力学(PK)を付与し､ BLやANは付与しない。
医薬品に使用する「治療利用」と「多剤併用」については、判断が難しく､結局、両方を使用する必要があるのでは との意見も出ていました。その他､臨床試験のIからIII相試験に薬理学(PD)も付与することにも意見が出ていました。



第236回　ライフサイエンス分科会
記入者：渡辺　正彦
開催日時：　2006年4月20日(木）　14:00～16:30
開催場所： ファイザー(株)　会議室
配布資料： 「JDreamIIと大規模辞書について」、「JOIS、JDream、JDreamIIの機能比較」等
参加人数：　28名

内　容：「JDreamIIとJST大規模辞書」
　今月は、4月に本稼動されたJDreamIIとJSTで開発中の大規模辞書について、 JSTの担当者の方から紹介していただきました。

１．JDreamIIコマンドモードの検索方法
植松　利晃　氏､甲田　彰氏

　JDreamIIについてはJST主催の研修会で紹介されていますので､利用する上での注意点を列記するにとどめます。一部の注意点については、改善方法を5月のOUGで検討することになりました。

  • フィールドコードALで英文表題(TIEN)を検索できない。
  • シソーラスブラウザで同義語の検索が可能。同義語に異表記語がある場合は、優先的に表示する用語を設定している。 同義語を検索式に反映できるが、シソーラス用語はフィールドコードがCNになるので注意が必要。
  • 表示されている検索履歴のL番号をチェックしてブール演算が可能であるが、5件までしか選択できない。
  • 簡易入力機能で発行年や対象の限定(ヒト、症例報告、年齢等)、記事区分で検索できるが、 ヒット件数の上限が500万件なので注意が必要。
  • 近接演算子として、(W)、(A)、(S)、(L)の4種類が利用可能。(NOTW)や(NOTA)はサポートしていない。 1つの検索式で近接演算子は2個まで可能。一方、(L)以外の近接演算子では、論理演算子を使った複数語の指定や 前方一致との組み合わせができない。
  • シソーラスブラウザで医薬品名を探すことが可能であるが、英語名には対応していない。また、検索式に反映させた場合、 化学物質名のフィールドコードがCNになるので注意が必要。
  • JCHEMファイルで医薬品を検索し、頻度分析により同義語を選択し、検索式に反映できるが、文字数が2048バイトまでであることと フィールドコードがCNになることに注意が必要。
  • 著者名を所属機関とリンクさせて検索する場合は､Expand検索が有効。著者名と所属機関は(L)で繋げる。複数の所属機関に属する場合は､(L)の後でパイプ文字(｜)で繋げる。


２．大規模辞書について
梶　正憲　氏

①　目的
　(1)利用者が同義語や表記の揺れを考慮することなく、網羅的に情報検索ができるようにすることと、 (2)索引作業者がシソーラスを意識することなく、論文のタイトルや抄録、本文中の用語を選択し、自動的に 統制語を付与させることにより、労力の削減と迅速化を図ることを目的としています。
②　辞書のデータ源
　延べ140万語のデータ源から用語を投入しています。JST科学技術用語シソーラスやMeSHのようなシソーラスをはじめ、 病名辞書(MeSH、JSTシソーラス、MeDRAJから抽出)、JST機械翻訳辞書、初期に作成した大規模辞書の用語を含んでいます。 その他、第二水準表記辞書や化学物質・薬効等機能上位語、高索引頻度準シソーラス用語もデータ源としています。
③　大規模辞書とシソーラスの関係
　シソーラスは､収録した用語間の包摂関係(上位下位関係)や優先語、同義語を整備した辞書として機能しています。 一方､大規模辞書は、収録した用語間で包摂関係を持っていませんが、シソーラス用語との同義(異表記を含む)・類義関係や シソーラス用語との包摂関係(シソーラスに対してNT)を整備した辞書として機能しています。また、シソーラスと関係付けられない 用語も含んでいます。
④　その他
　異表記展開辞書や機関名辞書も整備しています。



第235回　ライフサイエンス分科会
記入者：渡辺　正彦
開催日時：　2006年3月16日(木）　14:00～16:30
開催場所： ファイザー(株)　会議室
配布資料： 「Online Information 2005」、「BioMed Centralについて」等
参加人数：　15名

内　容：勉強会「海外のライフサイエンス関連情報の最新動向」

　今月は、(財)国際医学情報センター佐藤さんに昨年ロンドンで開催されたOnline Information 2005の 参加報告をしていただき、サンメディア(株)松下さんにBioMed Centralとオープンアクセスを紹介していただきました。

１．Online Information 2005
(財)国際医学情報センター　佐藤　京子　氏
①　Open Remarks
　David Weinberger氏が”The Shape of Knowledge”と題して､インターネット時代の情報利用について講演された。 インターネット時代になり、情報をシンプルに概念分類してフィルタリングすることは「死んだアイデア」に なってしまった。インターネット時代は違う意見をもった人々が一緒に話をできる時代であり､Best Informationを 求める時代からGood Enoughな情報を得る時代になった。世界中の人々が興味あることを話して､探す時代になった。


②　Google Scholar
　賛否両論の議論があった。その中で､GoogleのJohn Needam氏がScholarプロジェクトは文献を無料で提供することが 目的と述べたそうで、意外に思いました。


③　Connotea
　Nature Publishing Groupは、PubMedやAmazon、HighWireで参照したサイトをリスト化できるConnotea( http://www.connotea.org/)というサービスを開始した。 研究者同士でサイトの共有化ができ､インパクトのあるサイトを見つけることができます。 同様なサイトとして､CiteULike (http://jp.citeulike.org/ )があります。研究者同士の情報評価サイトとして興味がもたれます。 　


　
２．BioMed Centralについて
サンメディア(株)　松下　茂　氏
①　BioMed Central
　2001年に英国のCurrent Science Groupにより創設されたオープンアクセス出版で、BMCシリーズ 61誌を始め､ 一部有料を含めた約180誌をオープンアクセスで提供している。PubMedに収録されることで認知度が上がり､ 一部はImpact Factorの対象誌にもなっている。著作権が著者にあるので、論文を自由にWebサイトで公表したり、 引用したりできます。昨年、京都大学で開催された図書館シンポジウムでの紹介ビデオの上映もありました。


②　オープンアクセス
　　オープンアクセス(OA)とは、学術論文をインターネット上で無料で公開し､自由にアクセスさせる環境、 運動であり、出版の一形態です。OAには、純粋なOA誌以外にも、大学・研究機関によるリポジトリ (DspaceやCALTECHなど約650期間)や既存学術雑誌のOA化(HighWire Pressの学協会誌など)もあります。 最近の動向としては､研究者によるオープンアクセス投稿、IFLAやSPARCによるOA支持､NIHからの呼びかけ、 一部出版社のリポジトリ許諾や部分的OA化があります。


③　Faculty of 1000
　世界中の約4,000名の研究者が評価した注目文献について、書誌情報や抄録、研究者の評価を収録している システムです。本邦からも約60名参加しています。BiologyとMedicineがあります。Medicineについては、 次のサイト参照してください。 http://www.f1000medicine.com/about/ 　


　

第234回　ライフサイエンス分科会
記入者：固武龍雄、齊藤真紀子、戸上康弘、藤島嘉幸、堀恭子
開催日時：　2006年2月16日(木）　14:00～16:30
開催場所： ファイザー(株)　会議室
配布資料： 参加各位の資料
参加人数：　15名

内　容：勉強会「投稿原稿の最終確認とJDreamIIの情報交換」

　今月は、4月から本稼動するJDreamIIについて各自の使用経験を基に情報交換しました。3名からの報告を列記します。その後､投稿論文の最終確認を行いました。

１．JDreamIIの情報交換
１）　JDreamIIを実際に使用した上での、不具合や不便と感じる点を報告した。
①旧JOISシステムでは可能であったのに、JDREAMIIになって出来なくなったこと
  • 「/AL」フィールドで検索した場合、英文表題「/TIEN」、日化辞番号「/SN」フィールドが含まれない。
  • 「/TIEN」フィールドで「A」を検索できない。
  • SDI検索式を呼び出して検索を実行することができない。
②その他
  • 化学物質名「/CNS」と準シソーラス「/STS」フィールドでも、「/AL」を使うことにより近接演算子が利用可能（仕様がマニュアルと異なる）。
  • 薬剤名を検索する場合に、JCHEMからJSTPlusやJMEDPlusへの渡り検索時に「/AL」フィールドで検索結果を反映させることができない。
  • タイムアウトした場合にそのセッションの料金表示ができない。
  • JSTPlusとJMEDPlusのマルチファイル検索時に件数表示の段階では重複除去されていない。また、その件がマニュアルに記載されていない。
  • 「/CN」「/SN」フィールドでの検索結果の件数がJOISの結果と異なる。
  • 同義語辞書の内容が不十分（英語名が全く展開されない等）。


２）　JOISと比較したJDreamIIの特徴として16点ほどリストアップし、その中でも特徴的な次の2点について事例を挙げて説明した。
①　検索システムの違い
　JOISでは切り出し語による検索のため、抄録中に出現していても不要語処理されて検索対象とならない言葉があったのに対して、 JDreamIIではストリングサーチ（中間一致、全文検索）がメインとなるため、ノイズ（不要な検索結果）をヒットさせやすくなる。
　「EPO」、「CT」、「イチョウ」、「サージ」など英数字・カナ文字での語数の短い検索語はもちろんのこと、「Phase I」、「小細胞癌」など、 検索語の前後に別の言葉が付加されるとまったく意味が異なってしまうケースも考慮しなければならない。
　例として、「Phase I」を検索してみたところ、「Phase II」、「Phase inversion」、「Phase immunoassay」などもヒットした。

②近接演算子のマスク文字のフィールドによる違い
　JDreamIIでは、英文フィールドと和文フィールドとでは近接演算子のマスク文字の捉え方が異なる。英文フィールドで(2w)と指定すると、 2単語までマスキングできる（単語単位）。和文フィールドで(2w)と指定すると、2文字までマスキングできる（文字単位）。
　例えば、TIENでは、Percutaneous(2W)Angioplastyで、Percutaneous Transluminal Coronary Angioplastyを検索することができるが、 和文標題・和文抄録では、Percutaneous(2W)Angioplastyと入力しても、PercutaneousとAngioplastyの間には２文字しかマスキング されないため、Percutaneous Transluminal Coronary Angioplastyを検索することができない。Percutaneous(S)Angioplastyと入力する方が 無難である。
　JDreamIIでは、TIENはデフォルトの検索フィールドではないので、「Percutaneous(2W)Angioplasty/TIEN」と検索フィールドを指定しなければ、 英文標題は検索できなかった。
　　L1 SEARCH Percutaneous(2W)Angioplasty　　　　　　　　　 0
　　L2 SEARCH Percutaneous(2W)Angioplasty/tien　　　　　　60
　　L3 SEARCH Percutaneous(S)Angioplasty　　　　　　　　　 10


３）　JDreamIIを使用して気付いた点を報告した。
①JCHEMファイルからの渡り検索がJOISのようにうまく機能していない。
  • 物質名(CN)で検索した集合をCN指定で頻度分析すると、化学物質名の一覧が出る。これを「検索入力エリアに反映」のボタンを押すと、ボックスに入りきらない時がある。(制限値が半角2048文字以内のため。)
  • 網羅的な検索をしたい場合は、日化辞番号(SN)も渡り検索を行なう必要あるが、 以前のように、CN、SN同時に抽出した後に、一挙に 「S E1-En/AL」のコマンドで検索できない。同様の操作を2回行なう必要がある。
②マルチファイル検索は便利になったが、ファイル毎に検索料金がかかるので注意が必要。
③ストリングサーチは、適用ファイルや適用フィールドが拡大され絞込み検索などに便利になった。　（→その反面ノイズを拾うことは多くの方の発表で出ていました...）
④頻度分析は他の日本語文献データベースにない機能でJOISを踏襲して継続したことは評価できる。
⑤JICST分類コードが一覧で見られるようになった。　（→全てのコードを厳密にふっているわけではないので、もれのない検索をする際には これのみで検索を済ませてはいけないとの指摘がありました。）
⑥色使いやボタンの位置など、まだWebデザインの完成度は高くないので今後改良が必要。
　
２．「情報の科学と技術」投稿論文の最終チェック
　1月のOUGでの検索事例や指摘事項を補筆した原稿の読み合わせを行った。RSSの紹介については、My NCBIとの違いを十分に理解していないので、原稿には記載せずに、HPで紹介することにした。今回の議論を踏まえて､原稿を補筆･校正後、Infostaに送付することにした。



第233回　ライフサイエンス分科会
記入者：齊藤真紀子、固武龍雄、藤島嘉幸、石神祥子、青木妙、 堀恭子、石井恵子
開催日時：　2006年1月19日(木）　14:00～16:30
開催場所： ファイザー(株)　会議室
配布資料： PubMed検索事例、投稿原稿の確認等
参加人数：　14名

内　容：勉強会「PubMedの検索事例と投稿原稿確認」

　今月は、PubMedと商用のMedlineを比較した検索事例を持ち寄り、Infostaから依頼の原稿に追加する内容 について検討しました。

１．PubMedの検索事例
①　1998年以降の高齢者のうつ病に関する総説文献の第一著者名ランキング
　DIALOGでは、第一著者名に限定したランキングが出来ないが、PubMedでは第一著者名に 限定したランキングが可能である。PubMedが有効に利用できる事例の一つである。


②　薬剤による胃石の発症に関する文献検索
　「薬剤による胃石の発症に関する文献」について「PubMed」と「Dialog　Medline」で検索し 過程や結果の比較を行った。キーワード「bezoars（胃石）」のMeSHがあるかを確認し、次に キーワードと副作用のサブヘディングを掛け合わせて検索した結果、二つのデータベースの ヒット数に大きな差は無かった。
　PubMedでは、MeSH DataBaseでMeSHの確認が出来、そのまま検索できるのが利点である。 MeSHは階層構造になっていてわかりやすい。MeSHに関連するサブヘディングで絞り込むことが 出来る。またサブヘディングは下位概念のものも含んでいる。 （今回のBezoarsはサブヘディングのAEとリンクしないので、"Bezoars AND AE"で検索。）
　Dialog　Medlineでは、まずMeSHを冊子体で確認しなければならない。 そしてディスクリプタやサブヘディングを入力するために、システム独特のコマンドを 確認し利用する必要がある。
　単純な検索の場合、検索技術が未熟な利用者にはPubMedは扱いやすいと感じた。


③　イオン性造影剤の検索（non-ionic contract media）
　PubMedではノイズが多く出て､使いにくい例を示した｡
　イオン性造影剤を検索する場合に､Contrast Mediaのほかに単にionicと入力すると､ non-ionicから切り出されたionicによって､non-ionicの文献も検索されてしまう｡ "NOT non-ionic" とすると､両方が記載されている文献がもれてしまう｡このノイズを 除くためには､NOT近接演算子が使える商用システムのMEDLINEを用いるのが良い｡ この例では判定をしやすくするためにionicはタイトル中のタームに限定した｡ "ionic/TI(NOT N)non"とした｡
　PubMedでは、はじめの6件中4件もノイズであった｡DIALOGのMedlineでは、はじめの6件は 全件該当で､ノイズはなかった｡ 　


④　PubMedとOVID Medlineで「小児」を検索した比較
　PubMedと商用Medlineのトランケーション機能を比較すると、商用Medlineでは トランケーションの文字数指定ができるのに対し、PubMedではできない。 PubMedでフリータームを使った検索の際（網羅性を重視する際など）に、トランケーション(*)が 使えないため、想定される語尾変化を検索式に組み込まなければいけないなど、商用Medlineを 使い慣れた者にとっては、検索式作成に余計な手間がかかる場合がある。
　たとえば、小児(KID)を検索する場合に、商用Medlineでは「KID$1(OVID Medlineでの1文字以内の トランケーション指定)」で指定できるが、PubMedだと「KID*」ではなく「KID OR KIDS」に しなければいけない。


⑤　PubMedで褐色脂肪組織及び白色脂肪組織の検索した場合のAutomatic Term Mappingの 事例
  1. 白色脂肪組織（White adipose tissue）と褐色脂肪組織（Brown adipose tissue）の変換例

    2. "brown adipose tissue"で検索すると、下記検索式に自動変換される。
    　("brown fat"[TIAB] NOT Medline[SB]) OR "brown fat"[MeSH Terms] OR brown adipose tissue [Text Word]
    "white adipose tissue" で検索すると、下記検索式に自動変換される。
    　("adipose tissue"[TIAB] NOT Medline[SB]) OR "adipose tissue"[MeSH Terms] OR white adipose tissue[Text Word]
    ※"Brown Fat" は "Adipose Tissue" の下位に存在しているので、ATMを用いると白色脂肪組織に 限定されず、褐色脂肪組織も含めて脂肪組織全部が検索されることになる。 　⇒　限定したい場合は "white" と掛け合わせて検索するほうがよい。

  2. 褐色脂肪細胞（brown adipocyte）と白色脂肪細胞（white adipocyte）での変換例

    3. "brown adipocyte" で検索すると、"brown" と "adipocyte" は別々にマッピングされる。
    　brown　⇒　("ocular motility disorders"[TIAB] NOT Medline[SB]) OR "ocular motility disorders"[MeSH Terms] OR brown[Text Word]
    　adipocyte　⇒　("adipocytes"[TIAB] NOT Medline[SB]) OR "adipocytes"[MeSH Terms] OR adipocyte[Text Word]
    "brown" は眼球運動障害（ocular motility disorders）にマッピングされてしまう。これは このMeSHタームのEntry TermにBrown Tendon Sheath Syndromeがあるためか？
    "white adipocyte" の検索でも別々にマッピングされる。
    　white　⇒　"european continental ancestry group"[MeSH Terms] OR white[Text Word]
    2004年以降MeSHの "white" は "european continental ancestry group"に、"black"は "African Ancestry Continental Group" に変更されているが、Entry Termとして設定されて いるためマッピングしている。 　⇒　ノイズを避けるには "brown" や "white" はマッピングさせないほうがよい。
    また、近接演算子を使える商用Medlineの方が精度の高い検索を行えると考えられる。


⑥　「心筋炎の治療（2005年以降）」、「カルチノイドに対する抗癌剤ダカルバジンの効果」 をPubMedとOVID Medlineを検索して比較
　MeSH、サブヘディング、フリーキワードを用いて、同一検索式を作成し検索したところ、 両データベースで同一件数の結果が得られた。
　PubMedも、MeSHやサブヘディング使用できる点が有効。これらを使えば、エンドユーザｰでも 精度高い結果を導くことが可能。そのために、エンドユーザー教育時には、MeSHの存在、 サブヘディングの知識、トランケーションを理解してもらう必要がある。


　
２．INFOSTA会誌依頼のドラフト原稿チェック
　INFOSTA掲載予定の無料データベースに関する原稿のドラフトを読みながら参加者全員で内容を 検討した。PubMedについては、前半の事例検討で発表された内容を盛りこむこととなった。 iyakuSearchについては、いくつか修正案・疑問などが提示されたので、再度内容を検討して 修正をすることとなった。

　PubMed追加内容
  • 近接演算が出来ない
  • トランケーションで文字数指定が出来ない
  • 第一著者の指定ができる



招聘した各ベンダーのサイトは、 「ライフサイエンス　リンク集」をご覧ください。

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