OUGライフサイエンス分科会

☆☆ 今までの活動内容 ☆☆

2011年1月〜12月


第286回(2011年1月) 第287回(2011年2月) 第288回(2011年3月)(震災のため中止)

第289回(2011年4月) 第290回(2011年5月) 第291回 (2011年6月)

第292回(2011年7月) 第293回(2011年9月) 第294回(2011年10月)

第295回(2011年11月) 第296回(2011年12月)


2011.12.28 更新
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2011年12月度(第296回)ライフサイエンス分科会

記入者:エルゼビア・ジャパン株式会社 田中早苗
開催日時:2011年12月15日(木) 14:00〜17:00
開催場所:文京シビックセンター5階 区民会議室 会議室A
参加人数:20名

内容:「Elsevier製品紹介」

1. 「SciVerse Hub & Application」

・SciVerse:ScienceDirect、Scopus、ウェブ情報の統合検索に加え、アプリケーションを提供
・SciVerseHubは1回のログインでフルテキストデータベース(SciVerse ScienceDirect)、
 書誌・引用データベース(SciVerse Scopus)、第三者データベースとウェブ情報を統合検索可能
・SciVerseは、コンテンツをAPI(アプリケーション・プログラミング・インタフェース)経由で
 公開することによって、ワークフローを改善し、研究生産性を高めるためのアプリケーション開発
 を可能とする。 ・Applicationは現在53種類提供中。多くのものは無償利用可能。
・Applicationの使用事例紹介
 −TableDownload
 −MethodsSearch
 −MatchingSentences
 −Co-Author Network
 −QuntiFind など

2.「Article of the Future〜エルゼビアが考える新しいジャーナルの世界」

・データ中心のサイエンスを目指し、エルゼビアでは電子論文の新しい形を開発している
・著者には研究背う発表の最適な場を、読者には効率的に深い理解を得る環境を提供することが目的
・論文は@アウトライン、A論文コンテンツ、B付加機能を表示する3フレームデザインを考案
・Article of the Futureによる新しい機能
 -本文を読みながら図表や写真を横フレームに同時表示
 -リサーチハイライトやグラフィカルアブストラクトで論文内容を分かり易く表示
 -図をマップ展開し、位置情報によるデータをインタラクティブに表示
 -グラフの座標軸変更や照準線による座標値表示
 -図表上でのイメージキャプションの表示
 -論文中のタンパクや化合物から立体構造式の表示
 -参考文献の抄録表示など
・2012年9月リリースを目標に開発中


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2011年11月度(第295回)ライフサイエンス分科会

記入者:あすか製薬 佐々木享子
開催日時: 2011年11月17日(木)14:00〜17:00
開催場所:文京シビックセンター 3階 障害者会館 会議室A・B
参加人数:21名

内容:「PubMedの最近の動向について」

 最近一年間のPubMedの主な変更点などについて東京慈恵会医科大学学術情報センターの阿部信一先生に説明していただいた。
 現在PubMedには1946年以降の世界80カ国、5,500誌以上の約2,100万件の文献データが収録されている(2011年現在、日本で出版された雑誌は166誌)。2010年の新規追加データは699,420件で、2009年よりも約1.9%少なかったが、2011年はこれらを上回る新規データの追加が見込まれている。また2010年は80,042件のデータに遺伝子関係のリンクが追加された。

1.主な変更
(1)検索に関する変更
   ・Limits
   ・MeSH Database
(2)検索結果に関する変更
   ・検索語の強調など
(3)My NCBIの変更
   ・My NCBIホームページ
   ・検索式の保存機能(Saved Searches)
   ・コレクション機能(Collections)
   ・Recent Activity

2.その他
(1)Clinical queries
 自動的に研究デザインや疫学的用語を掛け合わせてくれる機能で、臨床医学領域のエビデンスの高い文献を短時間で検索することができる。5種類のCategoryについて感度あるいは特異度が高い検索式が予め設定されている。設定されている検索式については、ここで確認できる。

(2)携帯端末用PubMedベータ版
 2011年3月にPubMed Mobileベータ版が発表された。これは携帯端末からPubMedにアクセスしやすいように簡略化されたものである。PubMed Mobileは通常のPubMedと基本的な検索機能や収録データは同じで、検索フィールドも同様に動作する。

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2011年10月度(第294回)ライフサイエンス分科会

記入者:医学中央雑誌刊行会 黒沢俊典
開催日時:2011年10月20日(木) 14:00〜17:00
開催場所:文京シビックセンター 5階 会議室C
内容:「医中誌Web Ver.5の今後のバージョンアップのリリース日程・内容について」
1.今後のリリース予定
 (1)第2段階バージョンアップを2011年12月にリリースする。
 (2)第3段階バージョンアップを2012年3月頃(未定)にリリース予定。

2.第2段階リリースの内容
 (1)検索画面デザインの改定
  文字の色・サイズや全体の色味等を見直し、より見やすくなるよう調整する。   大きなデザイン変更はしない。
 (2)あいまい検索
   ひらがな・カタカナや旧字・新字、異体字などの表記の揺れを吸収した検索を行う。
 (3)入力補完
   検索語入力時に適切な候補語を表示する。
 (4)フィルター機能
   予め指定する条件で絞り込んだ検索結果が表示する。法人設定画面または
   My医中誌設定画面から設定する。
 (5)法人設定拡張
   出力アイコンの表示/非表示設定など、設定内容を拡張する。
 (6)My医中誌
   利用者単位で検索画面のカスタマイズや検索条件のデフォルト指定などが可能となる。
 (7)絞り込み検索機能の充実
   絞り込み項目の新規追加および改定を行い、内容を充実させる。
 (8)その他
   ・英論文の所属機関名は日本語訳せず原本の記載通り表記する。
   ・書誌確認画面で、完全一致検索がラジオボタンで指定できるようにする。
   ・ダウンロードテキストファイル内に出力する検索式にヒット件数も出力する。

3.第3段階リリースの内容
 (1)絞り込み条件、フィルター条件の拡張
   「フルテキストあり」「無料フルテキストあり」「所蔵している雑誌」
   「契約している電子ジャーナル」の設定が可能となる。
 (2)所蔵リストの拡張
   ISSN以外に、E-ISSN、ISBN、医中誌収載誌コードでのリスト登録が可能となる。
 (3)検索式の保存とメールアラート設定(My医中誌)
   My医中誌機能の中で、検索式の保存とメールアラート設定を可能とする。

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2011年9月度(第293回)ライフサイエンス分科会

記入者:SLAアジアン・チャプター2010年代表 Kokos Consulting佐藤京子
開催日時:2011年9月15日(木) 14:00〜17:00
開催場所:文京シビックセンター 5階 会議室A
配布資料 : 本発表の配布資料及びオリジナルスライドは、下記に掲載されています。
http://www.slideshare.net/KyokoSato/201109-oug-2
http://www.slideshare.net/johnmackjr/the-pharmaguy-social-media-timeline

内容:「米国医薬品承認情報の調べ方&製薬会社のソーシャルメディア利用状況
〜SLA年会の発表から〜」
A. 米国医薬品承認情報の調べ方
Drug Information Sources Online by Ms. Bonnie Snow
1.米国の医薬品承認情報
 ・Drugs@FDA
 ・FDA Approval Reports
 ・Drugs and Biologics Approval
 ・MedWatchウェブサイト
 ・AHFS Drug Information など
2.米国以外の国での医薬品承認情報
 ・Martindale (UK)
 ・EU
 ・Eudra Pharm
 ・EMA EPAR
 ・MRI-Europe medagenies.com
3.未承認医薬品情報(米国、EU)
 ・Cllinical Trial.gov (米国)
 ・ICTRP(WHO)
 ・EU Clinical Trial.com

B.製薬会社のソーシャルメディア利用状況
 1.どれだけの製薬会社が使っているか?
 2. Discussion使用例
 3. YouTube ビデオ使用例
 4.Twitter使用例
 5.Facebook使用例
 6.規制の動き

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2011年7月度(第292回)ライフサイエンス分科会

記入者:化学情報協会 河内 愛

開催日時: 2011年7月21日(木) 14:00〜17:00
開催場所:化学情報協会 メリノ六義園ビル 5階会議室
参加人数:12名


配布資料 :「STNライフサイエンス系データベースの強化 2010年6月〜2011年7月分」
     「EMBASEファイルの「MEDLINE 由来のレコード」について」
     「Coverage of MEDLINE in Embase」
* 配布資料は 「2011年 STNユーザーミーティング資料」の抜粋

内容:「STNライフサイエンス系データベースの強化 2010年6月〜2011年7月分」
1.ライフサイエンス系データベースの強化
(1)MEDLINEファイル
・1946年のデータを追加
・構造化抄録の収録開始
-抄録をいくつかのパラグラフに分け、各パラグラフに見出しをつけて収録
-2011月6月時点で、データベース全体の約9%(約178万件のレコード)に収録
・引用情報の追加
-2011月6月時点で、約130万件のレコードに収録
・被引用文献数の追加
・2011年版MeSHに対応
-新規MeSHターム数:573
-変更されたMeSHターム数:54
-削除されたMeSHターム数:19
・化学物質名検索の強化
-化学物質名称セグメント(/CNS)フィールドが追加
・化学物質名の表示変更
・オンライン記事のバージョン情報が識別可能に
・デジタルオブジェクト識別子(DOI)の収録開始
-検索、定型表示形式で表示可能に
・資料種類(DT)の追加・変更

(2)EMBASEファイル
・EMBASE CLASSICのレコードを追加
-1947年から1973年の約180万件のEMBASE Classicのレコードが追加
-収録源は生物医学、薬学関連分野の3400誌
・化学物質名検索の強化
-化学物質名称セグメント(/CNS)フィールドが追加
・2011年度版のEMTREEシソーラスが利用可能に
-新規EMTREE 語:2400
-変更されたEMTREE語:170

2.配列データベースの強化
(1)DGENE、PCTGEN、USGENEファイル
・完全配列・部分配列検索に対してバッチ検索が可能に
-従来バッチ検索は、ホモロジー検索のみ可能だった
-バッチ検索終了通知メールの受信が可能に
・検索速度の向上
・BLASTホモロジー検索用のソフトが最新版に

3.CAS FILESの強化
*CAS FILESの強化の中から、当分科会に関係する内容のみをご紹介
(1)CAplusファイル
・伝統薬に関する特許レコードに索引(IT)フィールドを追加
-従来、STフィールド(特許中に記載の医薬品名や製造に使用された動植物名)のみだった

■「EMBASEファイルの「MEDLINE由来のレコード」について」
参考資料「Coverage of MEDLINE in Embase」

(1)作成の流れ
・MEDLINEレコード(NLM索引済)が毎日Elsevierに届く
・索引済のEMBASEレコードと重複除去
・重複していなければ、MEDLINE由来のレコードを作成

(2)下記のMEDLINEデータの扱いについて
MEDLINEのデータをそのまま収録する情報と、Elsevierが変換・作成する情報がある
・Document Type(資料種類)
・MeSH Terms
・MeSH Subheadings
・Supplementary Concepts and Other Terms
-MEDLINEにはMeSHに加えてSupplementary Conceptsが索引されている
(従来は薬物名のみだったが、近年は疾患やその他の語も索引)
-Other TermsはMeSHではないが文献中で重要とみなされたターム
・Checktags
-Checktagsとは索引頻度の高い索引語
・Numerical codes
-遺伝子配列番号
-臨床試験番号
-CAS登録番号
-EC番号
・Abstruct
・その他のデータ
-著者名
-所属機関の住所
-EMBASE特有の索引(/TN、/NP、/FS)

(3)補足:Supplementary Conceptsの表示(PubMED、STN)について

(4)STNのEMBASEファイルのレコード例
・Regular EMBASEのレコード
・EMBASE Classicのレコード
・MEDLINE由来のレコード




2011年6月度(第291回)ライフサイエンス分科会

記入者:記入者:(財)国際医学情報センター 辻

開催日時: 2011年6月16日(木) 14:00〜17:00
開催場所:文京シビックセンター 5階 会議室A
参加人数:12名

1.検索演題

(1)ワクチン接種の副作用として接種部位周辺の大きな範囲が腫れ、腫れた部位が徐々に下がってきている(移動してきている)という症例が確認された。ワクチン接種の副反応として腫れた部位が移動する機序について教えて欲しい(国内、海外)

(2)緑内障配合点眼薬と併用治療における眼圧下降効果及びアドヒアランス・コンプライアンスの比較、緑内障点眼薬の配合薬と併用療法の比較(国内、海外)

(3)胃下垂を検索した場合、日本国内のDBと海外DBでは、該当件数に大きく差があるのはなぜか(国内、海外)
(胃下垂は海外症例が少ない日本人特有の疾病なのか? GASTROPTOSIS 以外に適当なKWがあるのか?)

(4)過去の添付文書(医療用医薬品)の入手方法
過去の添付文書情報を確認するにはどうしたらいいのか、現状と今後について情報交換したい



2.OUGライフ分科会活動について

現在活動しているメンバー全員への連絡方法として、メーリングリストを作成利用すること参加者の賛同を得て決定した




2011年5月度(第290回)ライフサイエンス分科会

記入者:医学中央雑誌刊行会 黒沢     鳥居薬品株式会社 西内

開催日時: 2011年5月19日(木) 14:00〜17:00
開催場所:文京シビックセンター 5階 会議室A
参加人数:30名

1.医中誌データベースの紹介

医学中央雑誌刊行会の各担当者より、医学用語シソーラスの改定、編集内容の変更、医中誌Web Ver5 のリリース内容について説明を行った。
1)医学用語シソーラス第7版
 本年1月に改定した医学用語シソーラス第7版について概要を説明した。
 (1)MeSH2010への対応の状況
 (2)新設語・削除語やディスクリプタの表記変更
 (3)「薬理学」「毒性・副作用」等の副標目の付与ルールの変更

2)編集内容の変更について
 本年1月に変更した編集内容について説明した。
 (1)事例タグの付与ルール
 (2)論文種類「コメント」の定義、及びコメントをしている元の論文との関連付け(医中誌Web内での相互リンク)

3)医中誌Web Ver5
 本年4月にリリースした医中誌Web Ver5について概要を説明した。
 (1)従来版との変更点
  ・画面フローの改善
  ・検索モードの統合
  ・各機能の操作性
 (2)新機能
  ・収載誌へのマッピング、改題前後誌の同時検索
  ・ハイライト機能
  ・参考文献リンク
  ・CAS番号、EC番号による検索
  ・外部APIの提供
 (3)次期バージョンアップ
  ・あいまい検索機能
  ・個人設定機能



2.2011年度OUGライフサイエンス分科会の活動について

今後の当分科会の体制や活動方針について主査より提案があり、参加者の賛同を得て決定した。
1)今後の方針
 メンバー全員で会を運営する体制を作る。
2)体制
 参加者は必ず次の役割のうちの一つを担う事とする。
  @主査
  A連絡
  B編集・伝達
  C企画
  *主査のみ協会に登録




2011年4月度(第289回)ライフサイエンス分科会

記入者:(独)科学技術振興機構 國岡 崇生、矢口 学

開催日時: 2011年4月21日(木) 14:00〜17:00
開催場所:科学技術振興機構 東京本部 B1研修室
配布資料:「人名名寄せシステムについて」、「平成22年度JDreamUの主な機能拡張」
参加人数:13名

内容:「JSTの人名名寄せシステムおよびJDreamU機能拡張の紹介」

    JSTは、その整備しているデータベース中の文献著者、特許発明者を対象として、機械的に名寄せ(著者・発明者の同定)を行う人名名寄せシステムを開発し、既にJDreamU、J-GLOBALの両システムにより利用可能となっている。今回、人名名寄せシステムの開発目的、対象データ、プログラム処理のロジック、名寄せの成果(データ精度)、今後のさらなる改良等について紹介した。また、JDreamUでの名寄せ成果(著者ID)の効率的な利用方法や、それ以外に平成22年度にリリースされた主な機能拡張についても紹介した。

    1.人名名寄せシステムについて
     (1)人名名寄せとは何か
     (2)名寄せ処理の概要(原理、対象データ、利用した識別情報、処理フロー等)
     (3)名寄せ精度(再現率と適合率)、名寄せ結果の検討
     (4)フィードバックと今後の取り組みについて

    2.平成22年度JDreamUの主な機能拡張
     (1)著者IDフィールドの追加と、JDreamUでの利用方法
     (2)著者IDの効率的な利用方法
     (3)名寄せ精度(再現率と適合率)、名寄せ結果の検討
     (4)その他の主な機能拡張(JSTPatMへの公表特許情報の登載、シンプルモードのユーザSDI登録機能、印刷用・タブ区切り形式のユーザSDI配信、アップロードファイル作成機能の追加、新検索フィールド「/ALE」の追加、特許用語辞書の拡大、日化辞WebにJDreamUアップロードファイル作成機能を搭載)




    2011年2月度(第287回)ライフサイエンス分科会
    記入者:        旭化成ファーマ(株)廣谷
        協和メディアサービス(株)加藤、村松
        (財)国際医学情報センター 塚本
        エルゼビア・ジャパン(株) 田中

    開催日時: 2011年2月17日(木) 14:00〜17:00
    開催場所:文京シビックセンター 3階 3-C会議室
    配布資料:「検索演題」解答例
    参加人数:13名

    内容:「検索演題」

      (1)小児のSLEのガイドラインについて(国内と海外)
        <ポイント・背景>
         ・国内・海外のガイドラインの探し方

        <使用データベース等>
         ・医中誌Web、MEDLINE、EMBASE
         ・Webページ、Google等のネット検索

        <検索で判明したこと>
         ○データベース検索
          ・医中誌Web:タグ「RD」による絞り込みも有用。また、キーワード「ガイドライン」とすると件数が増える
          ・Medline:SLE(MESH)*Guideline*小児関連語で1-2件
          ・Embase:SLE(EMTREE)*Guideline*小児関連語*not Reviewで複数件
          以上、いずれも論文の内容確認が必要だが、ヒットはすることを確認

         ○Webページ
          ・東邦大医学メディアセンターHPの診療ガイドライン検索や、同ページのリンク先HP:National Kidney Foundationも参考になった
          ・医中誌HPの診療ガイドライン文献リスト:検索前に確認するとよい
          ・その他、厚生労働研究成果データベース、難病情報センター、Minds、Minds、National Guideline Clearinghouseなど

         ○ネット検索
          ・Google検索でもある程度の情報を入手できたが、書誌不完全な論文情報も認めた。

      (2) オピオイド * 疼痛 * 製剤間比較
        <ポイント>
         ・実際の依頼は、オピオイド製剤 製品(商品)間での比較が希望であった
         ・オピオイド*疼痛*比較だと製品間比較でない比較文献(プラセボコントロール等)がヒット
         ・製品間に限定するテクニックはあるか?
         ・オピオイド系鎮痛剤のシソーラスは、Meshで掛け合わせるとピントがずれる
          (1製品しか含まれない文献がかかる)

        <使用データベース等>
         ・JMEDPlus、医中誌Web、MEDLINE、EMBASE

        <検索内容・意見等>
         (データベース検索)
         ・「製剤間比較」の解釈の仕方が各人で異なり、静注vs経口 等の検索をしてくる方もいた
         ・プレサーチインタビューの重要性を再確認した
         ・製品(商品)間の比較としては、製品全部を掛け合わせ、目視にてノイズを除去する方法を取る方が数名いた

          例)ABCDEの5製品あるとして
           A×(BorCorDorE)
           B×(CorDorE)
           C×(DorE)
           D×E

         ・EMBASEでは、"drug comparison"(cm)のサブヘディングあり

      (3) 2010 年度情報検索応用能力試験 2 級
        問16 4.PubMed と商用の MEDLINE について以下の設問に答えなさい。

         (1) PubMed の特徴(作成機関、収録分野、機能など)を 3 つあげなさい。

         ・無料で利用できる
         ・論文によっては、フルテキストにリンクしている
         ・オートマッピング機能

         (2)エンドユーザーから、「PubMed の検索で,フレーズや複数のキーワードを使って検索した際にノイズが多く困っている。
          精度の高い検索をするにはどのように検索をしたらよいか。」との質問を受けた。
          検索精度を上げる方法を 3 つ答えなさい。

         ・ダブルクォーテーションを使ったフレーズ検索
         ・フィールドの限定(タイトルに限定するなど)
         ・MeSHやサブヘディングを使った検索などの利用

         (3)両者の検索システムを比較して、商用の MEDLINE の利点について 3 つ述べなさい。

         ・近接演算を使って複雑な検索式を容易に作成できる
         ・システムによっては、他のデータベースと同時に検索・重複除去が可能
         ・システムによっては、後方一致、中間一致検索が行える

      (4) 2010 年度情報検索応用能力試験 1 級
        専門問題:4.ライフサイエンス
        問4 ある慢性疾患で来院した患者に薬Xを投与したところ、薬Xの添付文書に記載のない副作用Aが起きた。
          医師がよく聞いてみたところ、薬Xを飲む以前から薬Yを毎日服用していることが分かった。

         (1) この副作用の原因を確かめるために文献検索を行う場合、
           検索に適したデータベースの組み合わせと検索方法、および検索の留意点を述べなさい。

         ・プレサーチインタビューが可能であれば、他の併用薬があるかどうか確認できると良い
         ・文献データベースとして、MEDLINE、EMBASE、JAPICDOCが代表的な例として複数人から挙げられた
          いずれも医薬品名と副作用、薬物相互作用をリンクして検索する
          医薬品XとYの関連性を検索するのが難しい

         (2)文献情報以外で、副作用(安全性情報)を調べるのに、
          最適と思われるツールまたは Web サイトを1つあげ、それを選択した理由を述べなさい。

         ・Webサイトとしては、
          PMDA医薬品医療機器情報提供ホームページにて、
           「副作用を疑われる症例報告に関する情報」
           「医療用医薬品の添付文書情報【副作用】」が検索可能
          FDAでは、Federal Register、AERsに副作用に関する情報が掲載される




    2011年1月度(第286回)ライフサイエンス分科会
    記入者:潟Wー・サーチ 川原 綾

    開催日時: 2011年1月27日(木) 14:00〜17:00
    開催場所:文京シビックセンター 5階 会議室C
    配布資料:「ProQuest DialogTM」紹介
    参加人数:18名

    内容:「ProQuest Dialog」紹介

    2010年9月に登場した次世代情報検索システムProQuest Dialogの特徴と現在の開発状況および今後の展開について紹介した。
    ProQuest Dialogは、日本語画面でエンドユーザから情報検索プロフェッショナルの方までご利用いただける検索システムであり、現在は科学技術文献を中心にデータベースが搭載されている。

    1. ProQuest Dialogの特徴

      (1) 検索モード
        基本検索:自然語入力による直感的な検索
        詳細検索:項目を指定した精度の高い詳細検索。シソーラス検索もこの画面から利用
        類似文献検索:入力された文章を解析して類似文献を検索
        引用検索:書誌事項から特定の論文を検索
        簡易コマンド検索:コマンドを利用した検索。2011年4月詳細コマンド搭載予定

      (2) 検索支援機能
        サジェスト機能:入力語に関連する検索語を自動で提示
        同義語・語尾変化自動検索機能
        米英綴り自動検索機能
        スペルミス:入力語にスペルミスがあり結果が0件となった場合、正しいスペルによる結果を提示

      (3) 後処理機能
        検索結果の保存・共有ができる個人用ワークスペース「マイリサーチ」

      (4) 今後の開発予定
        2011年2月:搭載データベース拡大および、重複除去機能実装
        2011年4月:詳細コマンド検索、シソーラス検索機能強化、従量課金
        2011年春〜:DataStarからProQuest Dialogへ移行開始
        2011年後半:特許データベース、ビジネス系データベース搭載

    2. デモンストレーション
       各検索画面および後処理機能等を実際にご覧いただいた。


    招聘した各ベンダーのサイトは、 「ライフサイエンス リンク集」をご覧ください。

    OUGライフサイエンス部会への要望は、 こちらにメールください。


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